Ngày 20 tháng 6 năm 2017, Ban tổ chức giải họp bốc thăm xếp lịch thi đấu Vòng chung kết tại Trụ sở Liên đoàn bóng đá Việt NamBan tổ chức giải thông báo nguyên tắc bốc thăm xếp lịch thi đấu Vòng chung kết giải bóng đá Vô địch U17 Quốc gia - Cúp Thái Sơn Nam 2017, như sau:

• Số lượng và chia nhóm: 12 đội, chia thành hai nhóm A và B (6 đội/nhóm);
• Nguyên tắc bốc thăm:

+ Đội chủ nhà U17 Thành phố Hồ Chí Minh xếp vào bảng A, đội PVF - đơn vị đồng đăng cai, xếp vào bảng B.+ Các đội xếp thứ Nhất và thứ Nhì ở cùng bảng tại Vòng loại sẽ không ở cùng Nhóm tại Vòng chung kết và sẽ được chia đều vào hai Nhóm A và B.Các đội thi đấu vòng tròn một lượt ở mỗi nhóm để xác định 2 đội đứng đầu mỗi nhóm vào thi đấu vòng bán kết. Thứ tự xếp hạng của mỗi đội ở mỗi nhóm xác định theo thứ tự như sau: Điểm số, hiệu số bàn thắng bại, Số bàn thắng, thành tích đối đầu, bốc thăm.

Ở vòng bán kết, đội nhất nhóm A gặp đội nhì nhóm B còn đội nhất nhóm B sẽ gặp với đội nhì nhóm A. Hai đội thua ở bán kết sẽ đồng hạng ba. Còn hai đội thắng ở vòng bán kết sẽ bước vào thi đấu 1 trận chung kết. Hai trận bán kết và trận chung kết nếu sau hai hiệp đấu chính thức mà kết quả hòa thì hai đội thi đấu luân lưu 11m để xác định đội thắng.[3]

Ngày 28 tháng 6 năm 2017, ban tổ chức giải họp kỹ thuật đối với nhóm A tại Phòng họp Sân vận động Thống Nhất, Thành phố Hồ Chí Minh. Còn Nhóm B, họp kỹ thuật vào ngày 29 tháng 6 năm 2017 tại Phòng họp Trung tâm thể thao Thành Long, Thành phố Hồ Chí Minh.[4]